Реализация всех элементов системы управления при данном способе организации учебно-тренировочной работы осуществляется путем использования соответствующих программ. Тренер приступает к разработке программ обучения после того, как построено дерево целей и перед обучаемыми поставлена двигательная задача. Программа структурно включает в себя комплекс биомеханических алгоритмов движений, направленных на осуществление конкретных целей, указанных в двигательном задании.

Если она построена по системному принципу, на строгой целевой основе, то она обязательно должна отражать такие особенности тренировочного процесса: квантованность во времени; организационное единство всех действий; моноцелевой принцип; иерархию целей (превалирование главной цели, индифферентность к подцелям); насыщенность педагогическими средствами реализации (включая технические средства). Полная целевая программа обучения спортсменов тому или иному сложнокоординационному движению должна состоять из нескольких подпрограмм.

Каждая из подпрограмм содержит свои собственные алгоритмы, рассчитанные на определенные средства реализации. Одна подпрограмма составляется с учетом особенностей исполнителя, в нее входят алгоритмы движений, пояснения тренера, наглядный материал, модели элементов изучаемых движений — все то, что доводится до сведения спортсменов.

Эту подпрограмму можно условно назвать подпрограммой исполнения (ПИ). Построение такой подпрограммы необходимо осуществлять в соответствии с результатами предварительных биомеханических исследований двигательного аппарата, техники данного вида спорта, механизмов конкретного сложного движения, изучение которого предполагается осуществлять настоящим способом.